A história detalha a criação da mais sofisticada arma biológica já produzida, o Genocyber, um monstro criado a partir de duas jovens irmãs paranormais. O curioso é que, apesar de ser criado a partir das mentes de duas meninas, Genocyber tem todas as suas características visivelmente masculinas, como músculos mais desenvolvidos e tronco mais largo que a média das mulheres, denotando ser um "homem". Com início em Hong Kong, a história segue uma garota muda, que contra sua vontade, é levada pelas ambições de um cientista louco que quer combinar os poderes da garota com os de sua aleijada irmã para ativar o Genocyber. Após uma busca brutal, que deixa dúzias de corpos em seu caminho, a garota é aparentemente capturada por agentes de uma obscura organização governamental e o cientista preso. Porém, a garota escapa, matando o cientista e os agentes do governo. Este episódio do OVA termina quando a garota encontra seu único amigo, um menino, morto após cair de um prédio em construção. A garota se transforma no Genocyber, e segue para destruir Hong Kong completamente.
No segundo e terceiro episódios, o projeto Genocyber é movido para um gigantesco navio de guerra, onde a misteriosa garota de onde ele veio aparece e é recolhida pela médica do navio, que havia perdido sua filha em acidente aéreo. O Genocyber mais uma vez enlouquece, e destrói tudo a sua volta.
No começo do quarto episódio, Legend of Ark Grand, parte 1, encontramos o Genocyber ainda em seu caminho de destruição, e parece já ter destruído praticamente toda a civilização em seus combates contra todos os exércitos do mundo, até ser finalmente derrotado, em algum momento durante o século XXIV. A história começa no inicio do século XXV, com dois personagens, Mel, uma garota para-normal cega, e Rin, seu namorado. Os dois estão visitando um dos últimos bastiões da civilização humana, a cidade de Ark Grand, para tentar recuperar a visão de Mel. Após um tempo ganhando dinheiro nas ruas, eles acabam tendo problemas com a policia, e terminam nas ruínas subterrâneas da cidade que havia naquele local antes da construção de Ark De Grande. Lá, descobrimos que este também é o local do descanso final do Genocyber, e que uma seita obscura agora o adora com se fosse um deus, e esperam o retorno de seu "deus" para purificar a cidade.
No episódio 5, Legends of Ark Grand, parte 2, a segunda metade desta história, Mel foi adotada como um tipo arauto pela seita. Os despóticos líderes da cidade decidem, enquanto se preparam para o qüinquagésimo aniversário da cidade, exterminar a seita. Enquanto isso, Rin está com amnésia, e é capturado e torturado pelas autoridades. Os esquadrões da morte aparecem no esconderijo subterrâneo, e Mel, que desenvolveu um tipo de "entendimento" com o Genocyber, pede vingança, iniciando o conflito final com o que sobrou das forças Kyuryu Group.
